Компьютерную томографию в настоящее время широко используют как скрининговый тест, для диагностики по экстренным показаниям, для плановой диагностики, а также для контроля результатов лечения. Большинство компьютерных томографий делается в плановом порядке по направлению врача для окончательного подтверждения диагноза. Как правило, перед проведением компьютерной томографии проводят более простые исследования – рентгенография, УЗИ и т.д.
Исследование органов грудной клетки:
- инфекционные заболевания легких (пневмонии, инфекционные деструкции, туберкулез органов дыхания, пневмокониозы, паразитарные инфекции);
опухоли легких;
- метастатическое поражение легких;
- заболевания бронхов (бронхоэктазы, кисты, рубцовые стенозы бронхов, инородные тела бронхов, бронхиолит);
- нарушения легочного кровообращения (тромбоэмболия легочной артерии, инфаркт легкого, септическая эмболия легких, аномалии легочных сосудов);
- интерстициальные заболевания легких (альвеолит, лимфогенный карциноматоз, гистиоцитоз, саркоидоз, силикоз и антракоз, гиперчувствительный пневмонит, эмфизема);
- заболевания и повреждения грудной аорты и ее ветвей;
- внелегочные патологические процессы: заболевания средостения, патология плевры (плевральный выпот, пневмоторакс, опухоли плевры), грудной стенки.

Исследовании органов брюшной полости и забрюшинного пространства:
- первичное или вторичное опухолевое поражение печени и билиарных протоков, жировая дистрофия печени, абсцессы, кисты, в том числе паразитарные, цирроз печени;
- заболевания желчевыводящих путей;
- гепатомегалия неясной этимологии;
- повреждения органов брюшной полости и забрюшинного пространства;
- заболевания поджелудочной железы;
- заболевания селезенки, спленомегалия неясной этимологии;
- заболевания и повреждения почек и мочевыводящих путей;
- аномалии органов брюшной полости и забрюшинного пространства;
- заболевания надпочечников;
- заболевания и повреждения брюшной аорты и её ветвей;
- заболевания и повреждения нижней полой, воротной вены и их притоков (например, портальная гипертензия, тромбоз).

Исследование органов малого таза
- заболевания и повреждения мочевыводящих путей;
- заболевания матки, придатков (в частности, опухолевые и воспалительные, установление зон их распространенности);
- заболевания предстательной железы (в особенности для диагностики распространенности опухолевого процесса);
- структура, состояние регионарных лимфоузлов;
- заболевания и повреждения подвздошных сосудов (аневризма, стеноз, расслаивающая аневризма);
- заболевания и повреждения и костных структур таза.

Исследование головного мозга
- опухолевые и воспалительные заболевания головного мозга;
- мальформации сосудов головного мозга, интракраниальных сосудов;
- заболевания и повреждения костей черепа и краниовертебрального перехода;
- острые и хронические нарушения мозгового кровообращения;
- черепномозговая травма любой степени тяжести;
- последствия перенесенных травм и воспалительных заболеваний (кисты, гидроцефалия, атрофия коры).

Исследование позвоночника
- дегенеративные изменения (протрузии, грыжи межпозвонковых дисков);
- заболевания и повреждения позвоночника (травмы, воспалительные опухолевые процессы);
- аномалии развития структур позвоночника;
- послеоперационные изменения.

Исследование шеи
- заболевания и повреждения органов шеи (гортани, щитовидной железы (в т.ч. опухолевые для оценки распространенности процесса);
- состояние лимфоузлов шеи;
- заболевания и повреждения сосудов шеи.