Комп’ютерну томографію в даний час широко використовують як скринінговий тест, для діагностики за екстреними показаннями, для планової діагностики, а також для контролю результатів лікування. Більшість комп’ютерних томографій робиться в плановому порядку за направленням лікаря для остаточного підтвердження діагнозу. Як правило, перед проведенням комп’ютерної томографії проводять більш прості дослідження – рентгенографія, УЗД і т.д.
Дослідження органів грудної клітини:
- інфекційні захворювання легенів (пневмонії, інфекційні деструкції, туберкульоз органів дихання, пневмоконіози, паразитарні інфекції);
- пухлини легенів;
- метастатичне ураження легень;
- захворювання бронхів (бронхоектази, кісти, рубцеві стенози бронхів, сторонні тіла бронхів, бронхіоліт);
- порушення легеневого кровообігу (тромбоемболія легеневої артерії, інфаркт легені, септична емболія легенів, аномалії легеневих судин);
- інтерстиціальні захворювання легень (альвеоліт, лімфогенний карціноматоз, гістіоцитоз, саркоїдоз, силікоз і антракоз, гіперчутливий пневмоніт, емфізема);
- захворювання і пошкодження грудної аорти та її гілок;
- позалегеневі патологічні процеси: захворювання середостіння, патологія плеври (плевральнийвипіт, пневмоторакс, пухлини плеври), грудної стінки.

Дослідженні органів черевної порожнини і заочеревинного простору:
- первинне або вторинне пухлинне ураження печінки і біліарних протоків, жирова дистрофія печінки, абсцеси, кісти, в тому числі паразитарні, цироз печінки;
- захворювання жовчовивідних шляхів;
- гепатомегалия незрозумілого походження;
- пошкодження органів черевної порожнини і заочеревинного простору;
- захворювання підшлункової залози;
- захворювання селезінки, спленомегалія незрозумілого походження;
- захворювання і пошкодження нирок і сечовивідних шляхів;
- аномалії органів черевної порожнини і заочеревинного простору;
- захворювання надниркових залоз;
- захворювання і пошкодження черевної аорти та її гілок;
- захворювання і пошкодження нижньої порожнистої, ворітної вени та їх приток (наприклад, портальна гіпертензія, тромбоз).
Дослідження органів малого тазу
- захворювання і пошкодження сечовивідних шляхів;
- захворювання матки, придатків (зокрема, пухлинні і запальні, встановлення зон їх поширеності);
- захворювання передміхурової залози (особливо для діагностики поширеності пухлинного процесу);
- структура, стан регіонарних лімфовузлів;
- захворювання і пошкодження клубових судин (аневризма, стеноз, аневризма);
- захворювання і пошкодження і кісткових структур таза.

Дослідження головного мозку
- пухлинні і запальні захворювання головного мозку;
- мальформації судин головного мозку, інтракраніальних судин;
- захворювання і пошкодження кісток черепа і краниовертебрального переходу;
- гострі і хронічні порушення мозкового кровообігу;
- черепномозкової травми будь-якого ступеня тяжкості;
- наслідки перенесених травм і запальних захворювань (кісти, гідроцефалія, атрофія кори).
Дослідження хребта
- дегенеративні зміни (протрузії, грижі міжхребцевих дисків);
- захворювання і пошкодження хребта (травми, запальні пухлинні процеси);
- аномалії розвитку структур хребта;
- післяопераційні зміни.
Дослідження шиї
- захворювання і пошкодження органів шиї (гортані, щитовидної залози (в т.ч. пухлинні для оцінки поширеності процесу);
- стан лімфовузлів шиї;
- захворювання і пошкодження судин шиї.